現為公安九課少校的草薙素子（阪本真綾 配音），按照課長荒卷大輔（塾一久 配音）的指示外出調查運輸機被神祕並機的事件。結果途中遭到巴特（松田健一郎 配音）率領的武裝分子的襲擊。與此同時，遍佈全國的交通管制系統也意外癱瘓。一切源於前七八聯合部隊的長官曾我和哉（澤木鬱也 配音），他因製造難民虐殺事件遭到國家指控，而他的下屬堅信這一切都是國家陰謀。曾我不甘被汙，因此試圖通過網路揭露大國的醜行。素子在調查過程中漸漸瞭解真相，而她也朝著組建自己的部隊邁出重要的一步…… 本片為攻殼機動隊前傳“ARISE”的第二部。